2003-2004

Lola dos The Kinks – colaboraram com os Busted e foi um B-side do single ‘5 Colours in Her Hair’.

Build Me Up Buttercup dos The Foundations – incluída no single ‘Crashed the Wedding’, dos Busted.

Help! dos The Beatles – incluída no single ‘Obviously’.

She Loves You dos The Beatles – incluída no single ‘That Girl’.

Deck the Halls – canção de ano novo incluída no single ‘Room on the Third Floor’.

Crazy Little Thing Called Love dos Queen – incluída no single ‘Room on the Third Floor’.

Little Saint Nick dos The Beach Boys – em Dezembro de 2004 tocaram a música no EastEnders Christmas Special.

2005

You’ve Got a Friend de Carole King – gravada como parte do single oficial para a Comic Relief 2005, ‘All About You’, e cujo vídeo mostra a banda a visitar crianças afectadas pelo HIV em Uganda.

Mr. Brightside dos The Killers – fez parte do single ‘I Wanna Hold You’.

I Predict a Riot dos Kaiser Chiefs – tocaram na Live Lounge session da BBC Radio 1, e foi o B-side do single ‘Ultraviolet’.

My Generation dos The Who – a banda juntou-se ao Roger Daltrey, da banda The Who, em Setembro de 2005, para regravar a canção de 1965 para angariar fundos para a Teenage Cancer Trust e lançar o novo serviço digital de downloads da HMV.

Pinball Wizard dos The Who – gravaram a música em estúdio com direito a videoclip, para fazer parte do single ‘I’ll Be OK’.

2006

The Boys Are Back in Town dos Thin Lizzy – interpretaram uma versão da canção a 20 de Maio de 2006.

Don’t Stop Me Now dos Queen – foi gravada para angariar fundos para o Sport Relief 2006 como single oficial da iniciativa, em conjunto com a música ‘Please Please’. Enquanto tocavam esta música cover na Motion in the Ocean tour, o guitarrista dos Queen, Brian May, juntou-se a eles no palco, na Wembley Arena, tocando ainda os acordes iniciais da ‘5 Colours in Her Hair’. Matt Willis também participou na interpretação da ‘Don’t Stop Me Now’ na Wembley Arena e na Manchester Evening News Arena.

Fight For Your Right (To Party) dos Beastie Boys – tocada na Motion in the Ocean tour em Wembley.

Ghostbusters de Ray Parker Jr. – tocada na Motion in the Ocean tour em Wembley.

I Wanna Hold Your Hand dos The Beatles – abriram o espectáculo Children in Need 2006.

Happy Xmas (War Is Over) de John Lennon – tocaram no Live Lounge da BBC Radio 1.

Rockin’ Robin de Bobby Day – tocaram no especial de Natal do programa Top Of The Pops, incluindo-o também no single ‘Sorry’s Not Good Enough/Friday Night’.

2007

Rocks dos Primal Scream – no dia 23 de Fevereiro de 2007, os McFly tocaram a canção com a Charlotte Church, no The Charlotte Church Show.

Baby’s Coming Back dos Jellyfish – lançaram com o single ‘Transylvania’.

You’re the One That I Want do filme ‘Grease’ – gravaram para o álbum ‘Over the Rainbow’, que visava ajudar a The Association os Children’s Hospices e foi gravado em cinco dias.

Town Called Malice dos The Jam – os McFly estiveram entre os quarenta artistas convidados para gravar uma música para as celebrações do aniversário da Radio 1, e a cover fez parte do álbum de compilações ‘Radio 1 Established 1967’.

Umbrella da Rihanna – foi gravado pela banda, fazendo parte do cd do single ‘The Heart Never Lies’ e tocada na “Greatest Hits” tour. A música foi ‘mixada’ e produzida por Danny.

Born To Run de Bruce Springsteen – A última cover de 2007, para a Live Lounge da BBC Radio 1.

2008

The Winner Takes It All dos ABBA – a banda actuou no London 2012 Olympic Visa Party a 24 de Agosto de 2008, com uma versão acústica da canção a fazer parte do single ‘Lies’.

I Kissed a Girl de Katy Perry – para o Live Lounge da BBC Radio 1 no dia 10 de Setembro de 2008.

Stay With Me de Rod Stewart e The Faces – foi também gravado pelos McFly, fazendo parte do single ‘Do Ya’ e constituindo, junto com este, o single oficial para a Children In Need.

Black Or White de Michael Jackson – foi tocada em Novembro, na Radio:ACTIVE Tour, cantada apenas por Danny Jones e incluída no DVD Radio:Active Live at Wembley.

2009

The Promise das Girls Aloud – tocaram a música durante a sua “Up Close…And This Time It’s Personal Tour” pela Inglaterra de 21 de Abril a 10 de Maio.

I Gotta Feeling dos Black Eyed Peas – durante a sua primeira tour Europeia, os McFly cantaram apenas um minuto da música, apesar de não a terem tocado nos primeiros três concertos da tour.

Fight For Your Right (To Party) dos Beastie Boys – assim como em 2006, mais uma vez os McFly decidiram tocar a música em alguns concertos em Londres e na Tour Europeia em Setembro.

2010

Dynamite de Taio Cruz – no dia 10 de Setembro, a banda esteve no Live Lounge da BBC Radio 1 onde tocou Party Girl e Dynamite ao vivo.